Năm 1968 bị chiến tranh tàn phá, chùa chỉ còn nền móng hư hoại, kể từ giai đoạn này chùa bị lãng quên. Đến cuối năm 2007, có một số phật tử thuần thành một lòng hướng theo Phật phát tâm tu học, trong lúc tại địa phương không có chùa nên mượn nhà của phật tử Nguyễn Tấn An, và duyên lành thỉnh được tượng đức Phật Bổn Sư ở chùa Lam Điền (xã Tam Phước, huyện Phú Ninh) về an vị, tạm thời sinh hoạt, tụng kinh, lễ bái.
Năm 2008, dưới sự hướng dẫn của BTS Phật giáo huyện Phú Ninh và sự đồng thuận của các cấp chính quyền, việc sinh hoạt tu học tại tư gia được nhiều thuận lợi, nhất là thành lập được ban đại diện lâm thời gồm có phật tử Võ Minh Thành (trưởng ban), phật tử Nguyễn Tấn An, Nguyễn Đức Phương, Nguyễn Thị Thu, Huỳnh Văn Sơn, Ngô Văn Ba và 90 phật tử đạo tâm khác, cùng nhau tu học. Năm 2009, Đại đức Thích Viên Trừng, Trưởng BTS PG huyện Phú Ninh được cung thỉnh về đây truyền trao tam quy ngũ giới cho hơn 90 phật tử. Đặc biệt, thường xuyên tổ chức tu bát quan trai, thỉnh giảng sư về thuyết Pháp vào ngày 14 âm lịch hằng tháng để phật tử hiểu thêm về giáo lý của Phật đà tạo thuận duyên cho việc tu học.
Năm 2011, được sự chấp thuận của Giáo hội và các cấp chính quyền thống nhất cấp 1.000m2 diện tích địa thế đất đồi nằm cách khuôn viên chùa Văn Thánh cũ 200m, để xây dựng khôi phục lại ngôi chùa. Đến tháng 6 năm 2012, chùa được di dời từ cơ sở tư gia về mảnh đất mới, ban đầu phật tử vận động, dựng được ngôi nhà rường bằng gỗ có diện tích 35 m2 để làm chánh điện và lễ an vị tôn tượng Phật cũng được diễn ra ngay sau đó. Kể từ đó chùa trở thành cơ sở chính thức trực thuộc Giáo hội và được đổi tên thành chùa Viên Thánh (viên là vòng tròn, là sự trở lại, ý nói ngôi chùa trở lại; thánh là thánh địa, nơi mảnh đất này đã từng xuất hiện nhiều anh hùng có công với đất nước, nổi bậc nhất được nhắc trong sử ký Việt Nam như: cụ Phan Chu Trinh là anh hùng trong cuộc khởi nghĩa Duy Tân chống chế độ thực dân Pháp, nên nơi đây được xem là thánh địa).
Cũng trong năm này (2012), được sự chấp thuận của BTS PG huyện Phú Ninh, ban hộ tự và đạo hữu phật tử đã thống nhất cung thỉnh sư cô Thích Nữ Thanh Hiếu (Ni chúng chùa Bảo Quang, Tp.Đà Nẵng) về đây hướng phật tử tu tập cũng như phát nguyện trùng tu lại một số công trình như: cổng tam quan, tường rào, nhà tăng, nhà khách, nhà giảng… Đặc biệt, vào tháng 2 năm Bính Thân (2016), Sư cô đã vận động công ty Đại Hồng Tín, Tp.Đà Nẵng hỷ cúng 1 Đại Hồng Chung nặng 500kg; 1 cổ trống, tổng trị giá hơn 250 triệu đồng và đây cũng là Pháp khí đầu tiên của chùa được xem là giá trị nhất.
Địa chỉ liên hệ: Sư cô Thích Nữ Thanh Hiếu – chùa Viên Thánh, thôn Ma Phan (Phú Ninh, Quảng Nam). Điện thoại: 0973929193 Thông Thiện 
